La BMWiX5 sarà offerta anche in una variante con celle a combustibile a idrogeno, insieme alla versione elettrica a batteria, ai modelli ibridi plug-in, benzina e diesel. L'iX5 Hydrogen è sviluppato nell'ambito del progetto HyPowerDrive finanziato dal Ministero federale dei trasporti tedesco (che finanzia 191 milioni di euro del conto) e cofinanziato dallo stato della Baviera (che contribuisce con 82 milioni di euro).
La iX5 Hydrogen sarà la prima vettura di produzione BMW alimentata a idrogeno. Attualmente è in fase di test, con particolare attenzione all'interazione tra tutti i componenti del sistema di guida. Ciò include il sistema di celle a combustibile, la batteria ad alta tensione, il motore elettrico, i serbatoi di idrogeno e l’unità di controllo generale del sistema.

I team di sviluppo "convalidano la funzionalità di tutti i componenti all'interno del sistema integrato del veicolo e ottimizzano il complesso controllo dei sistemi, anche in caso di carichi elevati", con l'obiettivo "di garantire in ogni momento la piena capacità di prestazione della catena cinematica, ottimizzando ulteriormente la dinamica di guida tipica di BMW nel veicolo elettrico a celle a combustibile", si legge nel comunicato stampa ufficiale dell'azienda.

Il processo di sviluppo mira a raggiungere prestazioni di guida alla pari con le altre versioni dell'iX5, con un'accelerazione da 0 a 100 km/h inferiore a cinque secondi e un'autonomia di 750 km nel ciclo WLTP. Il rifornimento dovrebbe durare meno di cinque minuti.

Mentre questi test sono in corso, BMW ha contemporaneamente avviato la successiva fase di assemblaggio del prototipo per i suoi sistemi di celle a combustibile presso l'Hydrogen Competence Center di Monaco, in Germania. Questa fase è dedicata all'affinamento e alla verifica dei protocolli di test. Infine, la produzione in serie di questi sistemi di celle a combustibile è prevista per lo stabilimento del BMW Group a Steyr in Austria.
Nello stabilimento di Steyr sono già stati installati banchi di prova iniziali e macchinari di produzione, mentre i programmi di formazione del personale sono iniziati in modo graduale.